第1部 宇宙篇（第1话 - 第32话）
U.C.0079年，地球联邦政府和吉翁公国之间，史称“一年战争”的大战已经到了尾声，联邦军对吉翁军的反攻浪潮已到达守护吉翁公国本土的宇宙要塞“阿·巴瓦·空”前。宇宙殖民卫星群Side 4“莫尔”，在开战初期因吉翁军的攻击而变成废墟，当中带电的残骸至今仍在放电，令宙域内不时出现闪电现象，亦令宙域被称为“雷霆宙域（Thunderbolt）”。这个宙域在联邦军前往“阿·巴瓦·空”的攻略部队的补给线上，吉翁军为了切断联邦军的补给线，派驻了一支部队“活死人师团”潜伏在宙域中对联邦军部队进行狙击。受到狙击的联邦军派遣了一支由Side 4的生还者组成的舰队前往“雷霆宙域”，目的是找出吉翁军的部队，击溃并控制宙域，以确保联邦军的补给线的安全。
沙鼠的尚恩
U.C.0080年，“一年战争”结束。自“雷霆宙域”的战斗后，吉翁军“活死人师团”的尚恩·三田寺上士流落至地球，担任起回收商的护卫工作，意外的卷进和联邦军的冲突中。
第2部 地球篇（第33话 - ）
U.C.0080年，战争结束后约七个月，联邦军的强袭登陆舰“斯巴达（Spartan）”降落地球，执行代号“雷霆（Thunderbolt）”的作战。作战目标是地球联邦内拥有自治权的“南洋同盟”，找出南洋同盟利用在“一年战争”末期得到的资料，在境内开发的“再生·P·设备装备高机动型扎古”，阻止他们运用在对抗联邦政府上。伊欧·弗莱明在“雷霆宙域”的战斗后，成为了复兴中的Side 4的英雄，被投闲置散的他运用家族的影响力乘上了“斯巴达”，参与这场和自己关系不浅的“再生·P·设备装备高机动型扎古”的追捕作战。吉翁残党亦接到“再生·P·设备装备高机动型扎古”在南洋同盟境内开发的情报，作为复兴吉翁公国的力量，曾经是它的驾驶员、“活死人师团”的皇牌狙击手、现在成为吉翁残党的达里尔·洛伦兹被命令找出它的下落。在“雷霆宙域”结下宿怨的伊欧和达里尔，再次在战场上交会。